Удалённый от столицы, окружённый стенами монастырь с конца XV в. становится местом ссылки. Междоусобицы и придворные интриги приводят в монастырские стены князей Воротынских, бояр Шереметьевых, друга и советника царя Иоанна Грозного Селивестра, царя Симеона Бекбулатовича и многих других известных в русской истории людей.
Но самого знаменитого своего узника монастырь узрел в 1676 г., когда после десятилетнего пребывания в соседнем Ферапонтовом монастыре в Кириллов перевели шестого русского патриарха Никона. Бывший друг царя Алексея Михайловича, реформатор русской церкви в 1666 г. был лишён патриаршего сана и отправлен в ссылку. В Кириллове бывший патриарх находился 5 лет. В 1681 г. тяжело больной Никон получил разрешение возвратиться из ссылки, но по дороге скончался.
Преобразования в России начатые императором Петром I и продолженные Екатериной II привели монастырь к полному экономическому упадку. У монастыря были изъяты огромные земельные и промысловые владения, взамен государство выделило денежную компенсацию, которая не покрывала расходов самого большого российского монастыря.
История монастырей Кирилловской округи была бы неполной без упоминания Нило-Сорской пустыни,которая единственная из сохранившихся обителей до сих пор не имеет статуса памятника культуры.
Пустынь расположена в 15 км. к западу от г.Кириллова в равнинной местности, в удалении от оживлённых дорог. Основателя пустыни преподобного Нила Сорского, постриженика Кирилло-Белозерского монастыря, вполне обоснованно считают зачинателем скитского жития на Руси. Проповедуемый Нилом глубоко созерцательный и высокодуховный образ монашеского жития соединяемый полным отказом от благ материальных - лишь непродолжительное время имел значительное число сторонников. Разумеется, при основателе и некоторое время после его кончины в скиту не вели большого строительства, довольствуясь самым необходимым. Со времени основания в последней четверти ХУ в. и до закрытия скит не был ни богатым, ни многолюдным. Сохранившийся до настоящего времени, со значительными утратами и искажениями, архитектурный комплекс сложился на протяжении XIX в.